农村生产生物有机肥一般利用农业废弃物经微生物发酵，制得含多种微生物的有机肥。农业废弃物主要是畜禽粪便和秸秆。在水资源丰富的地方，养殖场常使用水冲的方法清理畜禽粪便。有自来水的接上自来水冲洗粪便，没有自来水的在池塘边装上水泵冲洗粪便。冲洗岀来的水大量流入河塘污染环境。有的将粪便收集起来存放在土池中任其沤制，臭气冲天，聚集运至有机肥料厂做原料。使用水冲粪做原料一定亏本。
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农村生产生物有机肥一般利用农业废弃物经微生物发酵，制得含多种微生物的有机肥。农业废弃物主要是畜禽粪便和秸秆。在水资源丰富的地方，养殖场常使用水冲的方法清理畜禽粪便。有自来水的接上自来水冲洗粪便，没有自来水的在池塘边装上水泵冲洗粪便。冲洗岀来的水大量流入河塘污染环境。有的将粪便收集起来存放在土池中任其沤制，臭气冲天，聚集运至有机肥料厂做原料。使用水冲粪做原料一定亏本。
生产生物有机肥是农业废弃物资源化利用的重要手段。农业废弃物中含有丰富的作物生长必需的营养元素和有机养分， 将其资源化利用制成生物有机肥，通过微生物的作用使有机物矿质化、腐殖化和无害化，以供作物吸收利用，不仅可以缓解农业废弃物对环境的压力，也可以变废为宝，获得一定的经济效益。
生物有机肥作为一种无污染环保型产品，是农业可持续发展的必然选择。
现阶段， 国内种植户施用生物有机肥的积极性不高，生物有机肥使用率相对较低，主要在蔬菜、水果、中草药、烟和草等附加值较高的经济作物上应用。但随着人们消费水平和安全意识的提高， 对绿色有机农产品的需求日益增强， 生物有机肥将会成为农业生产的必然选择。
目前，生物有机肥在一些生态区、绿色和有机农产品基地应用取得了较好的效果， 这对生物有机肥今后的推广应用起到良好的作用。
其次、生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。单一化肥因其成分单一，且酸碱水平不同，假如大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因而，生物有机肥单独施用。 另外、生物有机肥穴施更重要，特别是茄果类蔬菜，重茬现象不可防止。即便补施了一些生物肥、微肥，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的缘由，很难发挥作用。
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