在苹果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果树上的研究结果表明，施用生物有机肥有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，说明生物有机肥有效保证了营养的持续供应，促进了植株光合作用和碳水化合物的合成。在设施草莓上施用生物有机肥，单株产量增加67.9克，在“红地球”上施用，提高了葡萄单穗重和产量。果园施用生物有机肥后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、67.7%、12.6
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在苹果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果树上的研究结果表明，施用生物有机肥有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，说明生物有机肥有效保证了营养的持续供应，促进了植株光合作用和碳水化合物的合成。在设施草莓上施用生物有机肥，单株产量增加67.9克，在“红地球”上施用，提高了葡萄单穗重和产量。果园施用生物有机肥后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、67.7%、12.6%、21.1%；同时单果重增加明显，苹果增加35.9%，葡萄增加28.4%。
调节微生物区系，改善土壤微生态系统。腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还含有固氮菌、硅酸盐细菌、溶磷菌、光合细菌和假单胞菌等一些有益菌，这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的还具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生态环境的能力。此外，生物有机肥施入土壤后，能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生有益改变。
生物有机肥就是含有活性有益菌即特定功能微生物且有机质含量达到40%的生物质肥料。生物有机肥也叫微生物菌肥，是农业生产中使用的肥料制品的一种，与化学肥料、有机肥料、绿肥性质不同，它是利用微生物的生命活动及代谢产物的作用，改善作物养分供应，向农作物提供营养元素、生长物质、调控其生长，达到提高产量和，减少化肥使用，提高土壤肥力的目的。
土壤是一个很重要的自然资源。沈其荣认为土壤基础地力是实现作物产量潜力的关键因素， 就每千克化肥在不同作物上的平均增产效果而言，1975 年为25 kg 谷粒/kg 化肥、15 kg 油料/kg 化肥、10 kg 棉花/kg 化肥；2008 年为8~9 kg 谷粒/kg化肥、6～7 kg 油料/kg 化肥、5～6 kg 棉花/kg 化肥。化肥报酬的急剧下降表明，随着化肥的长期使用，土壤的基础地力正在逐渐减弱， 而土壤基础地力的减弱已成为影响农业可持续发展和农作物高产、稳产的重要限制因素。
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