在苹果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果树上的研究结果表明，施用生物有机肥有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，说明生物有机肥有效保证了营养的持续供应，促进了植株光合作用和碳水化合物的合成。在设施草莓上施用生物有机肥，单株产量增加67.9克，在“红地球”上施用，提高了葡萄单穗重和产量。果园施用生物有机肥后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、67.7%、12.6
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在苹果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果树上的研究结果表明，施用生物有机肥有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，说明生物有机肥有效保证了营养的持续供应，促进了植株光合作用和碳水化合物的合成。在设施草莓上施用生物有机肥，单株产量增加67.9克，在“红地球”上施用，提高了葡萄单穗重和产量。果园施用生物有机肥后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、67.7%、12.6%、21.1%；同时单果重增加明显，苹果增加35.9%，葡萄增加28.4%。
微生物菌肥还要看活菌数量是否符合规定，规定生物菌剂有效活菌数≥2亿/克，颗粒状的≥1亿/克，符合生物肥料和生物有机肥的有效活菌数≥2000万/克。切记不合格的生物菌肥不要购买使用。生物菌肥与经过充分腐熟的有机肥混合使用，其效果要远好于单独施用有机肥和生物菌肥。生物菌肥避免开袋后长期不用，要注意密封储存以免菌的种流失。开袋后长期不用，其他细菌就可能侵入袋内，使肥料中的微生物菌群的发生改变，影响其使用效果。
微生物菌肥不宜与杀菌剂、杀虫剂、除草的剂同时使用，也不要在使用生物菌肥后再实行土壤消毒。生物菌肥适宜的土壤湿度为60%左右，所以要注意不要在过分干旱时使用。生物菌肥对于阳光中的紫外线敏感，不宜采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。生物菌肥施入土壤后，有一个菌群繁殖壮大的过程，因此，在果树根系开始生长前使用。
微生物肥料中的微生物在高温干旱条件下，生存和繁衍就会遭到影响，不能发挥良好的作用。因而，应选择阴天或晴天的黄昏施用，并分离盖土、盖粪、浇水等措施，防止微生物肥料受阳光直射或因水分缺乏而难以发挥作用、防止与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀掉微生物，影响微生物肥料的发挥。
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