RNA提取及注意事项
研究基因的表达和调控时,需要从组织或细胞中分离纯化RNA。RNA质量的高低经常影响RT-PCR、cDNA库构建和Northern Blot等分子生物学实验的成败。
主要试剂
Trizol是一种新型总RNA抽提试剂,内含异硫酸胍等物质,能迅速破碎细胞,抑制细胞释放出的核酸酶。
1.
Trizol试剂含有,具有毒性和刺激性,注重操作。
2.
RNase污染的主要来源是操作过程中手和空气中的浮沉,注重配带手套,样品尽可能盖严。
3. 细胞裂解必需充分且操作迅速。裂解不完全会降低后得率,因为一部分RNA会残留在未裂解的细胞中。细胞裂解之后要看不见颗粒状物质(结缔组织和骨除外)。在清洗和裂解细胞时在低温下操作,湖州pcr,防止在操作过程中释放的内源RNase降解了RNA。
4. 酵母和一些细菌由于细胞壁的特别结构,pcr引物设计,可以加入Trizol试剂同时加入无RNase的玻璃珠并剧烈振荡,使细胞裂解充分。
2-8℃ 避光保存一年。
9.如何计算引物的Tm值?
答:引物设计软件都可以给出Tm,与引物长度、碱基组成、引物使用缓冲的离子强度有关。
长度为25mer以下的引物,实时定量pcr,Tm计算公式为:
Tm = 4℃ (G + C)+ 2℃ (A + T)
对于更长的寡聚核苷酸,Tm计算公式为:
Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) - 600/size
公式中,Size = 引物长度。
Tm的定义:Tm = Temperature at which 50% of a given oligonucleotide is hybridized to its complementary strand. In the absence of destabilizing agents, like formamide or urea, Tm will depend on 3 major parameters: The sequence: a GC-rich sequence has a higher melting temperature. The strand concentration: high oligonucleotide concentrati favor hybrid formation, which results in a higher melting temperature. The salt concentration: high ionic strength results in a higher Tm as cati stabilize the DNA duplexes.
逆转录病毒构建及包装
逆转录病毒(Retrovirus)是一类RNA病毒。在逆转录酶的作用下,以病毒RNA为模板合成cDNA再通过DNA、转录、翻译等过程形成病毒颗粒。逆转录病毒表达系统是一种新的重组蛋白表达系统,由逆转录病毒载体、辅助载体(表达病毒包装需要的蛋白质)和包装细胞系组成。逆转录病毒载体在外源基因表达、基因沉默、、生物制药等得到广泛的应用。逆转录病毒载体主要优点:转染范围广,fish检测,可以各种细胞类型,转入的外源基因可完全融合,对细胞率高,细胞不产生病变,可建立细胞系长期持续表达外源基因。
逆转录病毒载体系统共有两部分组成:包装细胞系和缺陷病毒本身。在逆转录病毒载体中,去除了正常的蛋白编码序列而保留了和包装信号,通过分子技术将目的基因插入此载体上,而包装细胞系能提供病毒载体包装成病毒粒子所需的结构蛋白。当重组病毒载体导入包装细胞后,缺陷病毒载体和包装细胞的互补作用共同完成病毒装配,该病毒颗粒可其它宿主细胞,此时目的基因进入该细胞并整合到细胞基因组中,导致插入序列在宿主细胞中表达,产生目的蛋白。宿主细胞不能像包装细胞那样为缺失结构基因的逆转录病毒提供结构蛋白,因而在宿主细胞内不会产生新的毒颗粒,保证了该载体在生物制品领域的生物安全性问题。
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